天才将棋少年桐山零，在独自生活中，与川本三姐妹相遇，逐渐敞开心扉。
爱德华和阿尔冯斯兄弟二人，为了找回失去的一切，在旅途中寻找贤者之石，揭示世界的真相。
在看似幸福的孤儿院里，孩子们发现了自己是被“鬼”饲养的食物，于是策划一场惊天大逃亡。